TY - JOUR AU - Washietl, S. AU - Hofacker, I. L. AU - Stadler, P. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mapping of conserved RNA secondary structures predicts thousands of functional noncoding RNAs in the human genome JO - Nat Biotechnol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1144 DO - 10.1038/nbt1144 ID - Washietl2005 ER - TY - JOUR AU - Pedersen, J. S. AU - Bejerano, G. AU - Siepel, A. AU - Rosenbloom, K. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Lander, E. S. AU - Kent, J. AU - Miller, W. AU - Haussler, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Identification and Classification of Conserved RNA Secondary Structures in the Human Genome JO - PLoS Comput Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020033 DO - 10.1371/journal.pcbi.0020033 ID - Pedersen2006 ER - TY - CHAP AU - Washietl, S. AU - Pedersen, J. S. AU - Korbel, J. O. AU - Gruber, A. AU - Hackermüller, J. AU - Hertel, J. AU - Lindemeyer, M. AU - Reiche, K. AU - Stocsits, C. AU - Tanzer, A. AU - Ucla, C. AU - Wyss, C. AU - Antonarakis, S. E. AU - Denoeud, F. AU - Lagarde, J. AU - Drenkow, J. AU - Kapranov, P. AU - Gingeras, T. R. AU - Guigó, R. AU - Snyder, M. AU - Gerstein, M. B. AU - Reymond, A. AU - Hofacker, I. L. AU - Stadler, P. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Structured RNAs in the ENCODE Selected Regions of the Human Genome BT - Gen Res ID - Washietl2007 ER - TY - JOUR AU - Missal, K. AU - Rose, D. AU - Stadler, P. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Non-coding RNAs in Ciona intestinalis JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti1113 DO - 10.1093/bioinformatics/bti1113 ID - Missal2005 ER - TY - JOUR AU - Missal, K. AU - Zhu, X. AU - Rose, D. AU - Deng, W. AU - Skogerbø, G. AU - Chen, R. AU - Stadler, P. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Prediction of Structured Non-Coding RNAs in the Genome of the Nematode Caenorhabitis elegans JO - J Exp Zoolog B Mol Dev Evol VL - 306 UR - https://doi.org/10.1002/jez.b.21086 DO - 10.1002/jez.b.21086 ID - Missal2006 ER - TY - CHAP AU - Rose, D. R. AU - Hackermüller, J. AU - Washietl, S. AU - Findeiß, S. AU - Reiche, K. AU - Hertel, J. AU - Stadler, P. F. AU - Prohaska, S. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Computational RNomics of Drosophilids BT - BMC Genomics ID - Rose2007 ER - TY - CHAP AU - Kapranov, P. AU - Cheng, J. AU - Dike, S. AU - Nix, D. AU - Duttagupta, R. AU - Willingham, A. T. AU - Stadler, P. F. AU - Hertel, J. AU - Hackermüller, J. AU - Hofacker, I. L. AU - Bell, I. AU - Cheung, E. AU - Drenkow, J. AU - Dumais, E. AU - Patel, S. AU - Helt, G. AU - Madhavan, G. AU - Piccolboni, A. AU - Sementchenko, V. AU - Tammana, H. AU - Gingeras, T. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - RNA Maps Reveal New RNA Classes and a Possible Function for Pervasive Transcription BT - Science ID - Kapranov2007 ER - TY - BOOK AU - Cristianini, N. AU - Shawe-Taylor, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - An Introduction to Support Vector Machines PB - Cambridge University Press CY - Cambridge UK ID - Cristianini2000 ER - TY - JOUR AU - Mathews, D. H. AU - Sabina, J. AU - Zuker, M. AU - Turner, H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Expanded Sequence Dependence of Thermodynamic Parameters Provides Robust Prediction of RNA Secondary Structure JO - J Mol Biol VL - 288 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1999.2700 DO - 10.1006/jmbi.1999.2700 ID - Mathews1999 ER - TY - JOUR AU - Lu, Z. J. AU - Turner, D. H. AU - Mathews, D. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - A set of nearest neighbor parameters for predicting the enthalpy change of RNA secondary structure formation JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl472 DO - 10.1093/nar/gkl472 ID - Lu2006 ER - TY - JOUR AU - Hofacker, I. L. AU - Fekete, M. AU - Stadler, P. F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Secondary Structure Prediction for Aligned RNA Sequences JO - J Mol Biol VL - 319 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(02)00308-X DO - 10.1016/S0022-2836(02)00308-X ID - Hofacker2002 ER - TY - JOUR AU - Doshi, K. J. AU - Cannone, J. J. AU - Cobaugh, C. W. AU - Gutell, R. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Evaluation of the suitability of free-energy minimization using nearest-neighbor energy parameters for RNA secondary structure prediction JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-105 DO - 10.1186/1471-2105-5-105 ID - Doshi2004 ER - TY - JOUR AU - Carter, R. J. AU - Dubchak, I. AU - Holbrook, S. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - A computational approach to identify genes for functional RNAs in genomic sequences JO - Nucl Acids Res VL - 29 ID - Carter2001 ER - TY - JOUR AU - Hofacker, I. L. AU - Fontana, W. AU - Stadler, P. F. AU - Bonhoeffer, L. S. AU - Tacker, M. AU - Schuster, P. PY - 1994 DA - 1994// TI - Fast Folding and Comparison of RNA Secondary Structures JO - Monatsh Chem VL - 125 UR - https://doi.org/10.1007/BF00818163 DO - 10.1007/BF00818163 ID - Hofacker1994 ER - TY - JOUR AU - Washietl, S. AU - Hofacker, I. L. AU - Stadler, P. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Fast and reliable prediction of noncoding RNAs JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0409169102 DO - 10.1073/pnas.0409169102 ID - Washietl2005 ER - TY - JOUR AU - Gardner, P. P. AU - Wilm, A. AU - Washietl, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - A benchmark of multiple sequence alignment programs upon structural RNAs JO - Nucl Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki541 DO - 10.1093/nar/gki541 ID - Gardner2005 ER - TY - STD TI - Washietl S: rnazWindow.pl. http://www.tbi.univie.ac.at/~wash/RNAz/man/rnazWindow.html UR - http://www.tbi.univie.ac.at/~wash/RNAz/man/rnazWindow.html ID - ref17 ER - TY - BOOK AU - Chang, C. C. AU - Lin, C. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - LIBSVM: a library for support vector machines ID - Chang2001 ER - TY - JOUR AU - Youden, W. J. PY - 1950 DA - 1950// TI - Index for rating diagnostic tests JO - Cancer VL - 3 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-3 DO - 3.0.CO;2-3 ID - Youden1950 ER - TY - JOUR AU - Liu, C. AU - Bai, B. AU - Skogerbœ, G. AU - Cai, L. AU - Deng, W. AU - Zhang, Y. AU - Bu, D. AU - Zhao, Y. AU - Chen, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - NONCODE: an integrated knowledge database of non-coding RNAs JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki041 DO - 10.1093/nar/gki041 ID - Liu2005 ER - TY - JOUR AU - Griffiths-Jones, S. AU - Moxon, S. AU - Marshall, M. AU - Khanna, A. AU - Eddy, S. R. AU - Bateman, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki081 DO - 10.1093/nar/gki081 ID - Griffiths-Jones2005 ER - TY - JOUR AU - Griffiths-Jones, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - The microRNA Registry JO - Nucl Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh023 DO - 10.1093/nar/gkh023 ID - Griffiths-Jones2004 ER - TY - JOUR AU - Lestrade, L. AU - Weber, M. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - snoRNA-LBME-db, a comprehensive database of human H/ACA and C/D box snoRNAs JO - Nucleic Acids Research VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj002 DO - 10.1093/nar/gkj002 ID - Lestrade2006 ER - TY - CHAP PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project BT - Nature ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Fontana, W. AU - Stadler, P. F. AU - Bornberg-Bauer, E. G. AU - Griesmacher, T. AU - Hofacker, I. L. AU - Tacker, M. AU - Tarazona, P. AU - Weinberger, E. D. AU - Schuster, P. PY - 1993 DA - 1993// TI - RNA Folding Landscapes and Combinatory Landscapes JO - Phys Rev E VL - 47 UR - https://doi.org/10.1103/PhysRevE.47.2083 DO - 10.1103/PhysRevE.47.2083 ID - Fontana1993 ER - TY - JOUR AU - Yong, J. AU - Golembe, T. J. AU - Pellizzoni, D. J. B. L. AU - Dreyfuss, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - snRNAs Contain Specific SMN-Binding Domains That Are Essential for snRNP Assembly JO - Mol Cell Biol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.24.7.2747-2756.2004 DO - 10.1128/MCB.24.7.2747-2756.2004 ID - Yong2004 ER - TY - JOUR AU - Richard, P. AU - Darzacq, X. AU - Bertrand, E. AU - Jády, B. E. AU - Verheggen, C. AU - Kiss, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - A common sequence motif determines the Cajal body-specific localization of box H/ACA scaRNAs JO - EMBO J VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/emboj/cdg394 DO - 10.1093/emboj/cdg394 ID - Richard2003 ER - TY - STD TI - Washietl S: RNAz. http://www.tbi.univie.ac.at/~wash/RNAz/ UR - http://www.tbi.univie.ac.at/~wash/RNAz/ ID - ref28 ER -