Skip to main content

Table 2 Cost functions: Node matching costs

From: Unrooted unordered homeomorphic subtree alignment of RNA trees

Type

UPI

BP

HP

IL

ML

EXT

UPI

Sequence alignment

∞

∞

∞

∞

∞

BP

∞

Base-pair alignment

∞

∞

∞

∞

HP

∞

∞

-10

0

0

0

IL

∞

∞

0

-5

∞

∞

ML

∞

∞

0

∞

-7

-7

EXT

∞

∞

0

∞

-7

-10