Table 1 Path recombinations that are used to compute the DCJ-indel distance

o _-2

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

∙+∙

−2

0

−2w

n _-2

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$A{A}_{\mathcal{A}}+A{A}_{\mathcal{B}}$

−2

1

1−2w

o _-1

$A{A}_{\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

−1

0

−w

n _-2

$B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$B{B}_{\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{B}}$

−2

1

1−2w

o _-1

$B{B}_{\mathcal{A}}+A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}}$

−1

0

−w

n _-2

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +A{A}_{\mathcal{A}}$

−2

1

1−2w

o _-1

$A{A}_{\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}}$

−1

0

−w

n _-2

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}}$

$\bullet +A{A}_{\mathcal{B}}$

−2

1

1−2w

o _-1

$B{B}_{\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

−1

0

−w

n _-2

$B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +B{B}_{\mathcal{B}}$

−2

1

1−2w

o _-1

$A{A}_{\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{A}}$

∙+∙

−1

0

−w

n _-2

$B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}}$

$\bullet +B{B}_{\mathcal{A}}$

−2

1

1−2w

o _-1

$A{A}_{\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{B}}$

∙+∙

−1

0

−w

n _-2

$A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}}$

∙+∙

−2

1

1−2w

n _-1

$A{A}_{\mathcal{A}}+A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}}$

$\bullet +A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

−1

1

1−w

n _-1

$B{B}_{\mathcal{A}}+A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

−1

1

1−w

n _-1

$A{A}_{\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

−1

1

1−w

n _-1

$B{B}_{\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}}$

$\bullet +B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

−1

1

1−w