Table 4 All recombination groups that determine the deductions for computing the DCJ-substitution distance

$\mathcal{U}$

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

2 ∙

o _-2

−2w

$\mathcal{V}$

$2A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{B}}$

4 ∙

2o _-1 ≺n _-2

1−4w

$w\ge \frac{1}{2}$

$2B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{A}}+A{A}_{\mathcal{B}}$

4 ∙

1−4w

$\mathcal{W}$

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}}+A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

3 ∙

o _-1 ≺n _-2

1−3w

$w\ge \frac{1}{2}$

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

3 ∙

1−3w

$B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{A}}+A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

3 ∙

1−3w

$B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

3 ∙

1−3w

$2A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}}$

$2\bullet +A{A}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

1−3w

$2A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{B}}$>

$2\bullet +A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

1−3w

$2B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{A}}$

$2\bullet +B{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

1−3w

$2B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{B}}$

$2\bullet +B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

1−3w

${\mathcal{X}}_1$

$A{A}_{\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

o _-1

−w

$A{A}_{\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

−w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}}$

$\bullet +A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

−w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{B}}$

$\bullet +A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

−w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{A}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{A}}$

∙+∙

−w

$A{A}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{B}}$

∙+∙

−w

${\mathcal{X}}_2$

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+A{A}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

n _-2

1−2w

$w\ge \frac{1}{2}$

$B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

1−2w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

1−2w

$A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

$\bullet +A{A}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

1−2w

$B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

$\bullet +B{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

1−2w

$B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

$\bullet +B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

1−2w

$A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

∙+∙

1−2w

$\mathcal{Y}$

$2A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}}$

4 ∙

2n _-1 ≺o _-2

2−4w

$w\ge \frac{1}{2}$

$2A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+A{A}_{\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{B}}$

4 ∙

2−4w

${\mathcal{Z}}_1$

$A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

3 ∙

n _-1 ≺o _-1

1−2w

$w\ge \frac{1}{2}$

$A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

3 ∙

1−2w

$A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

3 ∙

1−2w

$A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}}$

3 ∙

1−2w

$A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

3 ∙

1−2w

$A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}}$

3 ∙

1−2w

$A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+A{A}_{\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

3 ∙

1−2w

$A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{B}}$

3 ∙

1−2w

$A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}}$

$2\bullet +A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

1−2w

$A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+A{A}_{\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{B}}$

$2\bullet +A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

1−2w

${\mathcal{Z}}_2$

$2A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+A{A}_{\mathcal{B}}$

$2\bullet +A{A}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

n _-1 ≺n _-2

2−3w

$w\ge \frac{2}{3}$

$2A{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}+B{B}_{\mathcal{A}}$

$2\bullet +B{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

2−3w

$2A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+A{A}_{\mathcal{A}}$

$2\bullet +A{A}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}}$

2−3w

$2A{B}_{\mathcal{B}\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}+B{B}_{\mathcal{B}}$

$2\bullet +B{B}_{\mathcal{A}\mathcal{B}\mathcal{A}}$

2−3w