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Table 1 Performance of various bounds

From: Mutual enrichment in ranked lists and the statistical assessment of position weight matrix motifs

Protein

N

mmHG score

Bound B2

Bound B3

Bound B4

Bonferroni bound

TNWMNG

500

2.17e-18

2.75e-14

7.5e-14

6.28e-14

5.43e-13

0.274 min

0.0028 min

0.079 min

CTNNNAT

500

2.86e-27

1.32e-28

3.66e-28

2.37e-28

2.86e-27

0.155 min

0.0029 min

0.059 min

MMMMMMMM

500

1.08e-43

1.07e-39

3.47e-39

1.69e-39

2.71e-38

0.104 min

0.003 min

0.048 min

REB1

4000

1.66e-137

9.18e-133

1.19e-131

1.54e-132

1.67e-131

17.25 min

0.04 min

2.753 min

CBF1

4000

1.95e-80

9.15e-76

4.62e-75

1.84e-75

1.96e-74

26.05 min

0.03 min

3.409 min

UME6

4000

5.42e-88

2.62e-83

3.04e-82

5.11e-83

5.43e-82

23.81 min

0.03 min

3.374 min

TYE7

4000

1.62e-43

5.63e-39

2.83e-38

1.39e-38

1.62e-37

34.25 min

0.02 min

4.05 min

GCN4

4000

2.04e-50

7.66e-46

4.62e-45

1.80e-45

2.04e-44

35.43 min

0.03 min

3.95 min

Puf5

4795

7.91e-85

3.38e-80

5.60e-79

6.95e-80

7.93e-79

31.51 min

0.027 min

4.51 min

Pub1

4251

1.49e-84

6.86e-80

1.33e-78

1.37e-79

1.5e-78

27.74 min

0.033 min

3.81 min

Pab1

4142

2.46e-11

3.57e-7

5.17e-7

1.37e-6

2.46e-5

48.46 min

0.007 min

5.41 min

Khd1

4773

2.74e-20

5.09e-16

1.46e-14

1.73e-15

2.74e-14

47.58 min

0.015 min

5.84 min

Nab2

4101

2.09e-11

3.08e-7

1.48e-5

1.18e-6

2.09e-5

48.7 min

0.016 min

5.34 min

Vts1

1787

1.44e-10

4.74e-6

1.33e-5

1.4e-5

1.45e-4

21.94 min

0.003 min

2.07 min

Pin4

4261

8.16e-14

1.32e-9

8.08e-9

4.83e-9

8.18e-8

49.38 min

0.011 min

5.48 min

Nrd1

3947

5.72e-12

9.09e-8

5.71e-6

3.36e-7

5.74e-6

47.67 min

0.014 min

5.11 min

Yll032c

2286

1.06e-9

2.62e-5

1.61e-4

8.3e-5

0.001

   

35.58 min

0.003 min

2.77 min

 
  1. Four bounds are compared over 17 datasets (3 synthetic and 14 biological). For each dataset, the number of sequences (N) and the mmHG score are indicated, together with the performance of each bound (in terms of tightness and running time).