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Table 1 Performance of various bounds

From: Mutual enrichment in ranked lists and the statistical assessment of position weight matrix motifs

Protein N mmHG score Bound B2 Bound B3 Bound B4 Bonferroni bound
TNWMNG 500 2.17e-18 2.75e-14 7.5e-14 6.28e-14 5.43e-13
0.274 min 0.0028 min 0.079 min
CTNNNAT 500 2.86e-27 1.32e-28 3.66e-28 2.37e-28 2.86e-27
0.155 min 0.0029 min 0.059 min
MMMMMMMM 500 1.08e-43 1.07e-39 3.47e-39 1.69e-39 2.71e-38
0.104 min 0.003 min 0.048 min
REB1 4000 1.66e-137 9.18e-133 1.19e-131 1.54e-132 1.67e-131
17.25 min 0.04 min 2.753 min
CBF1 4000 1.95e-80 9.15e-76 4.62e-75 1.84e-75 1.96e-74
26.05 min 0.03 min 3.409 min
UME6 4000 5.42e-88 2.62e-83 3.04e-82 5.11e-83 5.43e-82
23.81 min 0.03 min 3.374 min
TYE7 4000 1.62e-43 5.63e-39 2.83e-38 1.39e-38 1.62e-37
34.25 min 0.02 min 4.05 min
GCN4 4000 2.04e-50 7.66e-46 4.62e-45 1.80e-45 2.04e-44
35.43 min 0.03 min 3.95 min
Puf5 4795 7.91e-85 3.38e-80 5.60e-79 6.95e-80 7.93e-79
31.51 min 0.027 min 4.51 min
Pub1 4251 1.49e-84 6.86e-80 1.33e-78 1.37e-79 1.5e-78
27.74 min 0.033 min 3.81 min
Pab1 4142 2.46e-11 3.57e-7 5.17e-7 1.37e-6 2.46e-5
48.46 min 0.007 min 5.41 min
Khd1 4773 2.74e-20 5.09e-16 1.46e-14 1.73e-15 2.74e-14
47.58 min 0.015 min 5.84 min
Nab2 4101 2.09e-11 3.08e-7 1.48e-5 1.18e-6 2.09e-5
48.7 min 0.016 min 5.34 min
Vts1 1787 1.44e-10 4.74e-6 1.33e-5 1.4e-5 1.45e-4
21.94 min 0.003 min 2.07 min
Pin4 4261 8.16e-14 1.32e-9 8.08e-9 4.83e-9 8.18e-8
49.38 min 0.011 min 5.48 min
Nrd1 3947 5.72e-12 9.09e-8 5.71e-6 3.36e-7 5.74e-6
47.67 min 0.014 min 5.11 min
Yll032c 2286 1.06e-9 2.62e-5 1.61e-4 8.3e-5 0.001
    35.58 min 0.003 min 2.77 min  
  1. Four bounds are compared over 17 datasets (3 synthetic and 14 biological). For each dataset, the number of sequences (N) and the mmHG score are indicated, together with the performance of each bound (in terms of tightness and running time).