From: Clustering of reads with alignment-free measures and quality values
k =2 | k =3 | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
(a) | (b) | ||||||||
Distance | No errors | 3 % | 5 % | 10 % | No errors | 3 % | 5 % | 10 % | |
2 clusters | 2 clusters | ||||||||
\(D^{*}_{2}\) | 0,815 | 0,813 | 0,810 | 0,801 | 0,822 | 0,819 | 0,814 | 0,794 | |
\(D^{*q}_{2}\) AQP | 0,815 | 0,815 | 0,813 | 0,810 | 0,822 | 0,822 | 0,820 | 0,809 | |
\(D^{*q}_{2}\) AQP q-red | 0,815 | 0,815 | 0,813 | 0,810 | 0,822 | 0,822 | 0,820 | 0,807 | |
\(D^{*q}_{2}\) AWP | 0,809 | 0,806 | 0,805 | 0,802 | 0,809 | 0,807 | 0,805 | 0,802 | |
\(D^{*q}_{2}\) AWP q-red | 0,809 | 0,806 | 0,805 | 0,802 | 0,809 | 0,807 | 0,805 | 0,802 | |
L 2 | 0,811 | 0,807 | 0,806 | 0,801 | 0,810 | 0,806 | 0,805 | 0,801 | |
KL | 0,812 | 0,809 | 0,807 | 0,802 | 0,812 | 0,809 | 0,807 | 0,802 | |
Symm, KL | 0,812 | 0,809 | 0,807 | 0,802 | 0,812 | 0,808 | 0,806 | 0,802 | |
D 2 | 0,811 | 0,807 | 0,806 | 0,801 | 0,809 | 0,806 | 0,805 | 0,800 | |
3 clusters | 3 clusters | ||||||||
\(D^{*}_{2}\) | 0,695 | 0,689 | 0,683 | 0,662 | 0,717 | 0,707 | 0,697 | 0,668 | |
\(D^{*q}_{2}\) AQP | 0,695 | 0,696 | 0,696 | 0,689 | 0,717 | 0,711 | 0,705 | 0,679 | |
\(D^{*q}_{2}\) AQP q-red | 0,695 | 0,696 | 0,696 | 0,691 | 0,717 | 0,712 | 0,704 | 0,681 | |
\(D^{*q}_{2}\) AWP | 0,653 | 0,646 | 0,646 | 0,638 | 0,668 | 0,662 | 0,655 | 0,646 | |
\(D^{*q}_{2}\) AWP q-red | 0,653 | 0,646 | 0,645 | 0,637 | 0,668 | 0,662 | 0,655 | 0,644 | |
L 2 | 0,682 | 0,673 | 0,671 | 0,657 | 0,685 | 0,677 | 0,674 | 0,663 | |
KL | 0,694 | 0,687 | 0,685 | 0,672 | 0,696 | 0,689 | 0,687 | 0,675 | |
Symm, KL | 0,693 | 0,686 | 0,684 | 0,669 | 0,695 | 0,688 | 0,685 | 0,673 | |
D 2 | 0,675 | 0,668 | 0,662 | 0,654 | 0,675 | 0,671 | 0,665 | 0,655 | |
4 clusters | 4 clusters | ||||||||
\(D^{*}_{2}\) | 0,623 | 0,613 | 0,606 | 0,574 | 0,627 | 0,616 | 0,591 | 0,551 | |
\(D^{*q}_{2}\) AQP | 0,622 | 0,621 | 0,618 | 0,602 | 0,628 | 0,617 | 0,602 | 0,572 | |
\(D^{*q}_{2}\) AQP q-red | 0,622 | 0,622 | 0,619 | 0,605 | 0,628 | 0,617 | 0,603 | 0,573 | |
\(D^{*q}_{2}\) AWP | 0,580 | 0,563 | 0,566 | 0,535 | 0,582 | 0,571 | 0,572 | 0,555 | |
\(D^{*q}_{2}\) AWP q-red | 0,580 | 0,560 | 0,565 | 0,533 | 0,582 | 0,570 | 0,570 | 0,555 | |
L 2 | 0,554 | 0,551 | 0,547 | 0,540 | 0,568 | 0,565 | 0,553 | 0,543 | |
KL | 0,555 | 0,548 | 0,545 | 0,536 | 0,566 | 0,558 | 0,547 | 0,537 | |
Symm, KL | 0,556 | 0,549 | 0,546 | 0,538 | 0,562 | 0,554 | 0,547 | 0,539 | |
D 2 | 0,553 | 0,547 | 0,547 | 0,538 | 0,556 | 0,549 | 0,548 | 0,540 | |
5 clusters | 5 clusters | ||||||||
\(D^{*}_{2}\) | 0,553 | 0,539 | 0,532 | 0,500 | 0,560 | 0,534 | 0,512 | 0,462 | |
\(D^{*q}_{2}\) AQP | 0,554 | 0,545 | 0,551 | 0,532 | 0,560 | 0,544 | 0,524 | 0,489 | |
\(D^{*q}_{2}\) AQP q-red | 0,553 | 0,544 | 0,550 | 0,533 | 0,561 | 0,545 | 0,531 | 0,487 | |
\(D^{*q}_{2}\) AWP | 0,483 | 0,475 | 0,470 | 0,463 | 0,509 | 0,494 | 0,485 | 0,470 | |
\(D^{*q}_{2}\) AWP q-red | 0,483 | 0,475 | 0,470 | 0,461 | 0,509 | 0,494 | 0,482 | 0,470 | |
L 2 | 0,478 | 0,472 | 0,465 | 0,453 | 0,500 | 0,495 | 0,486 | 0,465 | |
KL | 0,498 | 0,488 | 0,484 | 0,468 | 0,507 | 0,501 | 0,492 | 0,476 | |
Symm, KL | 0,498 | 0,488 | 0,484 | 0,468 | 0,507 | 0,500 | 0,491 | 0,474 | |
D 2 | 0,470 | 0,464 | 0,457 | 0,449 | 0,488 | 0,482 | 0,476 | 0,455 |