From: A representation of a compressed de Bruijn graph for pan-genome analysis that enables search
Algo | Part | 62 E. coli | 7 × Chr1 | 7 × HG |
---|---|---|---|---|
A4 | Wt-bwt | 0.42 (23.83 %) | 0.44 (36.23 %) | 0.43 (22.68 %) |
A4 | Nodes | 0.10 (5.94 %) | 0.03 (2.61 %) | 0.04 (2.02 %) |
A4 | \(B_{r}\) | 0.16 (8.93 %) | 0.16 (12.86 %) | 0.16 (8.25 %) |
A4 | \(B_{l}\) | 0.14 (8.04 %) | 0.14 (11.57 %) | 0.14 (7.42 %) |
A4 | Wt-doc | 0.93 (53.26 %) | 0.45 (36.73 %) | 1.13 (59.63 %) |
A4compr1 | Wt-bwt | 0.42 (28.57 %) | 0.44 (47.83 %) | 0.43 (26.85 %) |
A4compr1 | Nodes | 0.10 (7.12 %) | 0.03 (3.44 %) | 0.04 (2.39 %) |
A4compr1 | \(B_{r}\) | 0.00 (0.23 %) | 0.00 (0.12 %) | 0.00 (0.09 %) |
A4compr1 | \(B_{l}\) | 0.00 (0.23 %) | 0.00 (0.12 %) | 0.00 (0.08 %) |
A4compr1 | Wt-doc | 0.93 (63.85 %) | 0.45 (48.49 %) | 1.13 (70.59 %) |
A4compr2 | Wt-bwt | 0.16 (13.03 %) | 0.22 (31.01 %) | 0.22 (15.62 %) |
A4compr2 | Nodes | 0.10 (8.67 %) | 0.03 (4.55 %) | 0.04 (2.76 %) |
A4compr2 | \(B_{r}\) | 0.00 (0.28 %) | 0.00 (0.16 %) | 0.00 (0.10 %) |
A4compr2 | \(B_{l}\) | 0.00 (0.28 %) | 0.00 (0.16 %) | 0.00 (0.10 %) |
A4compr2 | Wt-doc | 0.93 (77.74 %) | 0.45 (64.11 %) | 1.13 (81.42 %) |