Skip to main content

Advertisement

Table 5 Running time during phylogenetic trees construction

From: HAlign-II: efficient ultra-large multiple sequence alignment and phylogenetic tree reconstruction with distributed and parallel computing

  IQ-TREE HPTree HAlign-II
Time Memory Time Memory Time Memory
Φ DNA (1 ×) 9 m 52 s ~ 100 MB 1 m 25 s ~ 300 MB 27 s ~ 100 MB
Φ DNA (100 ×) 1 h 2 m ~ 5 GB 45 m 32 s ~ 8 GB 17 m 45 s ~ 1 GB
Φ DNA (1000 ×) 1 h 45 m ~ 10 GB
Φ RNA (small) 6 h 23 m ~ 2 GB 52 m 39 s ~ 1 GB
Φ RNA (large) 28 h 36 m ~ 10 GB 8 h 20 m ~ 2 GB
Φ Protein (1 ×) 22 m 12 s ~ 100 MB Not supported Not supported 2 m 24 s ~ 100 MB
Φ Protein (100 ×) 5 h 05 m ~ 5 GB Not supported Not supported 33 m 32 s ~ 1 GB
Φ Protein (1000 ×) 38 h 52 m ~ 30 GB Not supported Not supported 3 h 36 m ~ 10 GB