Skip to main content

Table 5 Running time during phylogenetic trees construction

From: HAlign-II: efficient ultra-large multiple sequence alignment and phylogenetic tree reconstruction with distributed and parallel computing

 

IQ-TREE

HPTree

HAlign-II

Time

Memory

Time

Memory

Time

Memory

Φ DNA (1 ×)

9 m 52 s

~ 100 MB

1 m 25 s

~ 300 MB

27 s

~ 100 MB

Φ DNA (100 ×)

1 h 2 m

~ 5 GB

45 m 32 s

~ 8 GB

17 m 45 s

~ 1 GB

Φ DNA (1000 ×)

–

–

–

–

1 h 45 m

~ 10 GB

Φ RNA (small)

–

–

6 h 23 m

~ 2 GB

52 m 39 s

~ 1 GB

Φ RNA (large)

–

–

28 h 36 m

~ 10 GB

8 h 20 m

~ 2 GB

Φ Protein (1 ×)

22 m 12 s

~ 100 MB

Not supported

Not supported

2 m 24 s

~ 100 MB

Φ Protein (100 ×)

5 h 05 m

~ 5 GB

Not supported

Not supported

33 m 32 s

~ 1 GB

Φ Protein (1000 ×)

38 h 52 m

~ 30 GB

Not supported

Not supported

3 h 36 m

~ 10 GB