TY - JOUR AU - Ouangraoua, A. AU - Bergeron, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Combinatorial structure of genome rearrangements scenarios JO - J Comput Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2010.0126 DO - 10.1089/cmb.2010.0126 ID - Ouangraoua2010 ER - TY - JOUR AU - Braga, M. D. AU - Stoye, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - The solution space of sorting by DCJ JO - J Comput Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2010.0109 DO - 10.1089/cmb.2010.0109 ID - Braga2010 ER - TY - JOUR AU - Miklós, I. AU - Tannier, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Approximating the number of double cut-and-join scenarios JO - Theor Comput Sci VL - 439 UR - https://doi.org/10.1016/j.tcs.2012.03.006 DO - 10.1016/j.tcs.2012.03.006 ID - Miklós2012 ER - TY - JOUR AU - Lieberman-Aiden, E. AU - Berkum, N. L. AU - Williams, L. AU - Imakaev, M. AU - Ragoczy, T. AU - Telling, A. AU - Amit, I. AU - Lajoie, B. R. AU - Sabo, P. J. AU - Dorschner, M. O. AU - Sandstrom, R. AU - Bernstein, B. AU - Bender, M. A. AU - Groudine, M. AU - Gnirke, A. AU - Stamatoyannopoulos, J. AU - Mirny, L. A. AU - Lander, E. S. AU - Dekker, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1181369 DO - 10.1126/science.1181369 ID - Lieberman-Aiden2009 ER - TY - JOUR AU - Sexton, T. AU - Yaffe, E. AU - Kenigsberg, E. AU - Bantignies, F. AU - Leblanc, B. AU - Hoichman, M. AU - Parrinello, H. AU - Tanay, A. AU - Cavalli, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Three-dimensional folding and functional organization principles of the Drosophila genome JO - Cell VL - 148 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.01.010 DO - 10.1016/j.cell.2012.01.010 ID - Sexton2012 ER - TY - JOUR AU - Roix, J. J. AU - McQueen, P. G. AU - Munson, P. J. AU - Parada, L. A. AU - Misteli, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Spatial proximity of translocation-prone gene loci in human lymphomas JO - Nat Genet VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/ng1177 DO - 10.1038/ng1177 ID - Roix2003 ER - TY - JOUR AU - Mani, R. -. S. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Triggers for genomic rearrangements: insights into genomic, cellular and environmental influences JO - Nat Rev Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2883 DO - 10.1038/nrg2883 ID - Mani2010 ER - TY - JOUR AU - Véron, A. S. AU - Lemaitre, C. AU - Gautier, C. AU - Lacroix, V. AU - Sagot, M. -. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny JO - BMC Genom VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-303 DO - 10.1186/1471-2164-12-303 ID - Véron2011 ER - TY - JOUR AU - Swenson, K. M. AU - Simonaitis, P. AU - Blanchette, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Models and algorithms for genome rearrangement with positional constraints JO - Algorithm Mol Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/s13015-016-0065-9 DO - 10.1186/s13015-016-0065-9 ID - Swenson2016 ER - TY - BOOK AU - Bergeron, A. AU - Mixtacki, J. AU - Stoye, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - A unifying view of genome rearrangements PB - Springer CY - Berlin ID - Bergeron2006 ER - TY - JOUR AU - Holyer, I. PY - 1981 DA - 1981// TI - The NP-completeness of some edge-partition problems JO - SIAM J Comput VL - 10 UR - https://doi.org/10.1137/0210054 DO - 10.1137/0210054 ID - Holyer1981 ER - TY - JOUR AU - Caprara, A. AU - Panconesi, A. AU - Rizzi, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Packing cycles in undirected graphs JO - J Algorithm VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/S0196-6774(03)00052-X DO - 10.1016/S0196-6774(03)00052-X ID - Caprara2003 ER - TY - STD TI - Pulicani S, Simonaitis P, Rivals E, Swenson KM. Rearrangement scenarios guided by chromatin structure. In: RECOMB international workshop on comparative genomics. Berlin: Springer; 2017. p 141–155. ID - ref13 ER - TY - STD TI - Zeng X, Nesbitt MJ, Pei J, Wang K, Vergara IA, Chen N. Orthocluster: a new tool for mining synteny blocks and applications in comparative genomics. In: Proceedings of the 11th international conference on extending database technology: advances in database technology. ACM; 2008. p 656–667. ID - ref14 ER - TY - JOUR AU - Park, H. S. AU - Jun, C. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - A simple and fast algorithm for k-medoids clustering JO - Exp Syst Appl VL - 36 UR - https://doi.org/10.1016/j.eswa.2008.01.039 DO - 10.1016/j.eswa.2008.01.039 ID - Park2009 ER - TY - JOUR AU - Blanchette, M. AU - Kunisawa, T. AU - Sankoff, D. PY - 1996 DA - 1996// TI - Parametric genome rearrangement JO - Gene VL - 172 UR - https://doi.org/10.1016/0378-1119(95)00878-0 DO - 10.1016/0378-1119(95)00878-0 ID - Blanchette1996 ER - TY - JOUR AU - Pinter, R. Y. AU - Skiena, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genomic sorting with length-weighted reversals JO - Genome Inform VL - 13 ID - Pinter2002 ER - TY - JOUR AU - Lefebvre, J. F. AU - El-Mabrouk, N. AU - Tillier, E. AU - Sankoff, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Detection and validation of single gene inversions JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg1025 DO - 10.1093/bioinformatics/btg1025 ID - Lefebvre2003 ER - TY - JOUR AU - Bender, M. A. AU - Ge, D. AU - He, S. AU - Hu, H. AU - Pinter, R. Y. AU - Skiena, S. AU - Swidan, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Improved bounds on sorting by length-weighted reversals JO - J Comput Syst Sci VL - 74 UR - https://doi.org/10.1016/j.jcss.2007.08.008 DO - 10.1016/j.jcss.2007.08.008 ID - Bender2008 ER - TY - JOUR AU - Galvão, G. R. AU - Baudet, C. AU - Dias, Z. PY - 2017 DA - 2017// TI - Sorting circular permutations by super short reversals JO - IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinf VL - 14 UR - https://doi.org/10.1109/TCBB.2016.2515594 DO - 10.1109/TCBB.2016.2515594 ID - Galvão2017 ER - TY - JOUR AU - Dixon, J. R. AU - Selvaraj, S. AU - Yue, F. AU - Kim, A. AU - Li, Y. AU - Shen, Y. AU - Hu, M. AU - Liu, J. S. AU - Ren, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions JO - Nature VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature11082 DO - 10.1038/nature11082 ID - Dixon2012 ER -