A fast and accurate enumeration-based algorithm for haplotyping a triploid individual

Table 1 Comparison with different error rates (CELSIM instance)

p _s	RR			VE			MEC			Running time (s)
p _s	EH	HC	HT	EH	HC	HT	EH	HC	HT	EH	HC	HT
0	0.97	0.89	0.89	3	29	27	0	126	57	0.01	0.02	0.01
0.01	0.97	0.89	0.88	3	31	28	17	147	64	0.01	0.03	0.01
0.02	0.97	0.89	0.88	4	30	27	34	152	79	0.01	0.03	0.01
0.03	0.97	0.89	0.90	4	31	26	51	180	83	0.01	0.03	0.01
0.04	0.97	0.90	0.89	4	29	27	69	179	96	0.01	0.03	0.01
0.05	0.97	0.90	0.89	4	29	26	85	194	117	0.01	0.03	0.01
0.06	0.96	0.89	0.88	5	31	26	102	210	132	0.01	0.03	0.01
0.07	0.96	0.89	0.88	5	30	26	122	225	157	0.01	0.03	0.01
0.08	0.96	0.90	0.88	6	29	24	138	238	173	0.01	0.03	0.01
0.09	0.95	0.89	0.87	6	30	28	154	254	181	0.01	0.03	0.01
0.1	0.95	0.90	0.89	7	29	25	172	263	206	0.01	0.03	0.01
0.2	0.92	0.89	0.88	14	31	26	335	407	364	0.01	0.03	0.01

ISSN: 1748-7188