Skip to main content

Advertisement

Table 9 Wall clock times for all steps taken by the tools

From: Kermit: linkage map guided long read assembly

  Tool Overlap Map Colour Layout Consensus Total
S. cerevisiae (simulated) Miniasm 52 s 6 s 4 min 52 s 5 min 50 s
Kermit 52 s 6 s 0 s 6 s 3 min 29 s 4 min 38 s
C. elegans (simulated) Miniasm 9 min 55 s 1 min 58 s 28 min 19 s 40 min 17 s
Kermit 9 min 55 s 2 min 17 s 5 s 55 s 28 min 57 s 42 min 9 s
S. cerevisiae Miniasm 1 min 9 8 s 2 min 45 s 4 min 2 s
Kermit 1 min 09 s 10 s 1 s 8 s 2 min 44 s 4 min 12 s
Canu 2 h 12 min
C. elegans Miniasm 16 min 54 s 4 min 53 min 28 s 1 h 14 min
Kermit 16 min 54 s 4 min 8 s 11 s 2 min 29 s 50 min 29 s 1 h 14 min
Canu 12 h 31 min
H. erato Miniasm 8 h 40 min 1 h 30 min 10 h 10 min
Kermit 8 h 40 min 9 min 2 min 2 h 42 min 11 h 32 min
Canu 7 days
B. pendula Miniasm 3 h 24 min 1 h 32 min 4 h 57 min
Kermit 3 h 24 min 9 min 17 s 1 h 37 min 5 h 11 min
Canu 6 days
  1. The consensus phase was very slow on the big genomes of H. erato and B. pendula so it was not run on those data sets