Skip to main content

Table 9 Wall clock times for all steps taken by the tools

From: Kermit: linkage map guided long read assembly

 

Tool

Overlap

Map

Colour

Layout

Consensus

Total

S. cerevisiae (simulated)

Miniasm

52 s

–

–

6 s

4 min 52 s

5 min 50 s

Kermit

52 s

6 s

0 s

6 s

3 min 29 s

4 min 38 s

C. elegans (simulated)

Miniasm

9 min 55 s

–

–

1 min 58 s

28 min 19 s

40 min 17 s

Kermit

9 min 55 s

2 min 17 s

5 s

55 s

28 min 57 s

42 min 9 s

S. cerevisiae

Miniasm

1 min 9

–

–

8 s

2 min 45 s

4 min 2 s

Kermit

1 min 09 s

10 s

1 s

8 s

2 min 44 s

4 min 12 s

Canu

–

–

–

–

–

2 h 12 min

C. elegans

Miniasm

16 min 54 s

–

–

4 min

53 min 28 s

1 h 14 min

Kermit

16 min 54 s

4 min 8 s

11 s

2 min 29 s

50 min 29 s

1 h 14 min

Canu

–

–

–

–

–

12 h 31 min

H. erato

Miniasm

8 h 40 min

–

–

1 h 30 min

–

10 h 10 min

Kermit

8 h 40 min

9 min

2 min

2 h 42 min

–

11 h 32 min

Canu

–

–

–

–

–

7 days

B. pendula

Miniasm

3 h 24 min

–

–

1 h 32 min

–

4 h 57 min

Kermit

3 h 24 min

9 min

17 s

1 h 37 min

–

5 h 11 min

Canu

–

–

–

–

–

6 days

  1. The consensus phase was very slow on the big genomes of H. erato and B. pendula so it was not run on those data sets