TY - JOUR AU - Fan, H. AU - Ives, A. R. AU - Surget-Groba, Y. AU - Cannon, C. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - An assembly and alignment-free method of phylogeny reconstruction from next-generation sequencing data JO - BMC Genomics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-015-1647-5 DO - 10.1186/s12864-015-1647-5 ID - Fan2015 ER - TY - JOUR AU - Haubold, B. AU - Klötzl, F. AU - Pfaelhuber, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - andi: Fast and accurate estimation of evolutionary distances between closely related genomes JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu815 DO - 10.1093/bioinformatics/btu815 ID - Haubold2014 ER - TY - JOUR AU - Leimeister, C. -. A. AU - Sohrabi-Jahromi, S. AU - Morgenstern, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Fast and accurate phylogeny reconstruction using filtered spaced-word matches JO - Bioinformatics VL - 33 ID - Leimeister2017 ER - TY - JOUR AU - Yi, H. AU - Jin, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Co-phylog: an assembly-free phylogenomic approach for closely related organisms JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt003 DO - 10.1093/nar/gkt003 ID - Yi2013 ER - TY - JOUR AU - Yu, X. AU - Reva, O. N. PY - 2018 DA - 2018// TI - SWPhylo–a novel tool for phylogenomic inferences by comparison of oligonucleotide patterns and integration of genome-based and gene-based phylogenetic trees JO - Evol Bioinf VL - 14 UR - https://doi.org/10.1177/1176934318759299 DO - 10.1177/1176934318759299 ID - Yu2018 ER - TY - JOUR AU - Zuo, G. AU - Hao, B. PY - 2015 DA - 2015// TI - CVTree3 web server for whole-genome-based and alignment-free prokaryotic phylogeny and taxonomy JO - Genom Proteom Bioinf VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.08.004 DO - 10.1016/j.gpb.2015.08.004 ID - Zuo2015 ER - TY - JOUR AU - Saitou, N. AU - Nei, M. PY - 1987 DA - 1987// TI - The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees JO - Mol Biol Evol VL - 4 ID - Saitou1987 ER - TY - JOUR AU - Dencker, T. AU - Leimeister, C. -. A. AU - Gerth, M. AU - Bleidorn, C. AU - Snir, S. AU - Morgenstern, B. PY - 2020 DA - 2020// TI - Multi-SpaM: a maximum-likelihood approach to phylogeny reconstruction using multiple spaced-word matches and quartet trees JO - NAR Genom Bioinf VL - 2 ID - Dencker2020 ER - TY - STD TI - Wittler R. https://gitlab.ub.uni-bielefeld.de/gi/sans UR - https://gitlab.ub.uni-bielefeld.de/gi/sans ID - ref9 ER - TY - JOUR AU - Bandelt, H. -. J. AU - Dress, A. W. PY - 1992 DA - 1992// TI - A canonical decomposition theory for metrics on a finite set JO - Adv Math VL - 92 UR - https://doi.org/10.1016/0001-8708(92)90061-O DO - 10.1016/0001-8708(92)90061-O ID - Bandelt1992 ER - TY - STD TI - Wittler R. Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs. In: Huber, K.T., Gusfield, D. (eds.) 19th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2019). Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs). Schloss Dagstuhl–Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Dagstuhl, Germany. 2019; vol. 143: pp. 2–1214. ID - ref11 ER - TY - JOUR AU - Iqbal, Z. AU - Caccamo, M. AU - Turner, I. AU - Flicek, P. AU - McVean, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - De novo assembly and genotyping of variants using colored de Bruijn graphs JO - Nat Genet VL - 44 UR - https://doi.org/10.1038/ng.1028 DO - 10.1038/ng.1028 ID - Iqbal2012 ER - TY - STD TI - Almodaresi F, Pandey P, Patro R. Rainbowfish: a succinct colored de Bruijn graph representation. In: Schwartz, R., Reinert, K. (eds.) 17th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2017). Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs). Schloss Dagstuhl–Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Dagstuhl, Germany. 2017; vol. 88:pp. 18–11815. ID - ref13 ER - TY - JOUR AU - Holley, G. AU - Wittler, R. AU - Stoye, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Bloom filter trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage JO - Algorith Mol Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/s13015-016-0066-8 DO - 10.1186/s13015-016-0066-8 ID - Holley2016 ER - TY - JOUR AU - Muggli, M. D. AU - Bowe, A. AU - Noyes, N. R. AU - Morley, P. S. AU - Belk, K. E. AU - Raymond, R. AU - Gagie, T. AU - Puglisi, S. J. AU - Boucher, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Succinct colored de Bruijn graphs JO - Bioinformatics VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx067 DO - 10.1093/bioinformatics/btx067 ID - Muggli2017 ER - TY - JOUR AU - Holley, G. AU - Melsted, P. PY - 2019 DA - 2019// TI - Bifrost-Highly parallel construction and indexing of colored and compacted de Bruijn graphs JO - BioRxiv VL - 695 ID - Holley2019 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Kloepper, T. AU - Bryant, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - SplitsTree 4.0-computation of phylogenetic trees and networks JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.1.68 DO - 10.1093/bioinformatics/14.1.68 ID - Huson2008 ER - TY - JOUR AU - Kloepper, T. H. AU - Huson, D. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Drawing explicit phylogenetic networks and their integration into SplitsTree JO - BMC Evol Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-8-22 DO - 10.1186/1471-2148-8-22 ID - Kloepper2008 ER - TY - JOUR AU - Thurmond, J. AU - Goodman, J. L. AU - Strelets, V. B. AU - Attrill, H. AU - Gramates, L. AU - Marygold, S. J. AU - Matthews, B. B. AU - Millburn, G. AU - Antonazzo, G. AU - Trovisco, V. AU - Kaufman, T. C. AU - Calvi, B. R. PY - 2018 DA - 2018// TI - the FlyBase Consortium: FlyBase 2.0: the next generation JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky1003 DO - 10.1093/nar/gky1003 ID - Thurmond2018 ER - TY - JOUR AU - Crosby, M. A. AU - Goodman, J. L. AU - Strelets, V. B. AU - Zhang, P. AU - Gelbart, W. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - the FlyBase Consortium: FlyBase: genomes by the dozen JO - Nucleic Acids Res VL - 35 ID - Crosby2006 ER - TY - JOUR AU - Vidal, N. M. AU - Ludwig, A. AU - Loreto, E. L. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evolution of Tom, 297, 176 and rover retrotransposons in Drosophilidae species JO - Mol Genet Genom VL - 282 UR - https://doi.org/10.1007/s00438-009-0468-0 DO - 10.1007/s00438-009-0468-0 ID - Vidal2009 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Z. AU - Alikhan, N. -. F. AU - Sergeant, M. J. AU - Luhmann, N. AU - Vaz, C. AU - Francisco, A. P. AU - Carriço, J. A. AU - Achtman, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - GrapeTree: visualization of core genomic relationships among 100,000 bacterial pathogens JO - Genome Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1101/gr.232397.117 DO - 10.1101/gr.232397.117 ID - Zhou2018 ER - TY - JOUR AU - Alikhan, N. -. F. AU - Zhou, Z. AU - Sergeant, M. J. AU - Achtman, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - A genomic overview of the population structure of Salmonella JO - PLoS Genet VL - 14 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007261 DO - 10.1371/journal.pgen.1007261 ID - Alikhan2018 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Z. AU - Lundstrm, I. AU - Tran-Dien, A. AU - Duchêne, S. AU - Alikhan, N. -. F. AU - Sergeant, M. J. AU - Langridge, G. AU - Fotakis, A. K. AU - Nair, S. AU - Stenøien, H. K. AU - Hamre, S. S. AU - Casjens, S. AU - Christophersen, A. AU - Quince, C. AU - Thomson, N. R. AU - Weill, F. -. X. AU - Ho, S. Y. W. AU - Gilbert, M. T. P. AU - Achtman, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Pan-genome analysis of ancient and modern Salmonella enterica demonstrates genomic stability of the invasive Para C lineage for millennia JO - Curr Biol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2018.05.058 DO - 10.1016/j.cub.2018.05.058 ID - Zhou2018 ER - TY - JOUR AU - Haeussler, M. AU - Karolchik, D. AU - Clawson, H. AU - Raney, B. J. AU - Rosenbloom, K. R. AU - Fujita, P. A. AU - Hinrichs, A. S. AU - Speir, M. L. AU - Eisenhart, C. AU - Zweig, A. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - The UCSC Ebola genome portal JO - PLoS Curr VL - 2014 ID - Haeussler2014 ER - TY - JOUR AU - Shapiro, B. J. AU - Levade, I. AU - Kovacikova, G. AU - Taylor, R. K. AU - Almagro-Moreno, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Origins of pandemic Vibrio cholerae from environmental gene pools JO - Nat Microbiol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nmicrobiol.2016.240 DO - 10.1038/nmicrobiol.2016.240 ID - Shapiro2017 ER -